Ash, Pikachu y sus amigos se encuentran en una ciudad, la cual está sobre el agua, llamada la capital del agua del mundo. Donde la gente es cuidada por dos Pokémon, a los cuales los llaman sus guardianes. Estos guardianes son los hermanos Latios y Latias, quienes junto a Ash y Pikachu se encargaran de salvar una joya importante y peligrosa llamada El Rocio del Alma robada por un par de ladrones. Asi que Ash y sus amigos trataran de salvar el tesoro cuanto antes para que la ciudad no se inunde.