El más grande descubrimiento científico en Pokemon-dom se ha logrado finalmente "Mewtwo". Mewtwo se clonó del ADN de los restos fosilizados de Mew, el Pokemon más raro. Pero cuando Mewtwo despertó, se encontró encajonado en una especie de jaula de vidrio en un laboratorio, incitándolo a cometer un destrozo. Mientras que los cientificos desesperados trataron de mantener a Mewtwo bajo control, Mewtwo destruyó el laboratorio y se fue a encontrar el propósito de su existencia. El Pokemon más fuerte se ha creado, pero este experimento ha salido mal. Pronto Mewtwo fija sus metas mas alla de lo que los humanos alguna vez lo hicieron...