En esta película, Tsunade asigna una nueva misión a Naruto, Sakura y Kakashi: perseguir y atrapar al ninja desertor Mukade. Así, el grupo se dirige hacia el país de la Arena, concretamente, a las ruinas históricas de Ouran. Naruto entra en las ruinas para completar la misión. Sin embargo, desconoce la existencia de un poder oculto llamado Ryuumyaku, controlado por Mukude, y que absorbe al famoso ninja de traje naranja. Al recuperar la conciencia, el protagonista descubre que está en una ciudad rodeada de muchas torres. Sin darse cuenta del incidente, Naruto prosigue su búsqueda de Mukade pero se encuentra con Sara, la reina de la ciudad. Sara le explica a Naruto que esa es la ciudad de Ouran en la que la gente vivía en paz hasta que se supo que el misterioso Ministro Anrokuzan estaba construyendo una terrible arma. Ese ministro era Mukade Anrokuzan, que estaba reuniendo energía para liberar el poder de Ryuumyaku. El Tercer Hokage, Sarutobi Hiruzen, tras descubrir este incidente, manda un equipo de ninjas compuesto por Minato, Chouza, Shibi y Sakumo Hatake (padre de Kakashi conocido como Colmillo Blanco). Entre miles de torres se desata una pelea entre las marionetas de Mukade, Naruto, Sara y Minato.