Shita tiene en su poder una gema mágica capaz de invocar la isla flotante de Laputa. La niña pronto se verá perseguida por agentes del gobierno, dirigidos por el Coronel Muska y dispuestos a utilizar la fortaleza itinerante para aumentar su poder. Su huída la llevará a aliarse con Dola y su banda de ladrones, deseosos de apoderarse de los tesoros de la isla. La única posibilidad de salir airosa la tendrá con la ayuda de Pazu, el niño de la ciudad minera.